El rectorado de Alejandro Vera Jiménez (2012-2018) y los años subsiguientes estuvieron marcados por crisis financieras, acusaciones de desvío y enfrentamientos políticos en Morelos:
En Mayo del 2013, a nombre de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM), Vera Jiménez firma de convenios con Sedesol y la Cruzada Nacional contra el Hambre, garantizando capacidad técnica que no poseía. Inicia el esquema de la Estafa Maestra.
En Julio del 2014 Se registra el desvío de fondos para un préstamo bancario. Vera y su tesorero, Eduardo Sotelo Nava, presuntamente desvían 450 millones de pesos de subsidios de la universidad para pagar un crédito de 600 millones de pesos con Banco Interacciones.
En ese mismo mes, se realiza la adquisición del ex Hotel Chulavista em Cuernavaca. El Consejo Universitario aprueba la compra para albergar instalaciones universitarias (Hospital, Centro Cultural). El inmueble queda como un “elefante blanco” con un valor estimado de 42 millones de pesos, con inconsistencias en la adquisición y origen de recursos.
En Noviembre del 2017 se dicta la vinculación a proceso y la declaratoria de sustracción de la justicia contra Alejandro Vera fue vinculado a proceso por peculado (caso del préstamo). Elementos de la Fiscalía Anticorrupción de Morelos catean su casa por enriquecimiento ilícito; al no ser encontrado, es declarado “sustraído de la justicia”.
En Diciembre 2017, denuncian Amenazas de muerte: El poeta Javier Sicilia denuncia que él, Vera y su esposa reciben amenazas de muerte vía telefónica, presuntamente “de parte del gobernador Graco Ramírez”.
En Enero del 2018 Alejandro Vera es detenido por el delito de abuso de confianza en agravio de uno de los dos sindicatos de la UAEM, relacionado con el desvío de recursos para pagar un crédito. Es internado en el Cereso de Atlacholoaya.
En Marzo del 2018 Alejandro Vera se registra a la gubernatura por el partido Nueva Alianza y en Junio del 2018 declina su aspiración en favor de Cuauhtémoc Blanco.
En Enero del 2019 La Auditoría Superior de la Federación (ASF) emite una determinación contra Vera por inconsistencias en el caso Estafa Maestra
En Octubre 2019 Vera renuncia al cargo de director del Consejo de Ciencia y Tecnología en el Gobierno de Cuauhtémoc Blanco, mientras las investigaciones avanzaban.
En Noviembre 2019 Alejandro Vera y su esposa, María Elena Ávila Guerrero, son secuestrados en la carretera La Pera-Cuautla y liberados dos días después por fuerzas federales y estatales; tres presuntos secuestradores son detenidos (supuestamente pertenecían al CJNG).
En Julio del 2020 El Tribunal Federal de Justicia Administrativa resuelve que Vera Jiménez es responsable del daño patrimonial y debe pagar 239.3 millones de pesos por subcontratación ilegal
En Abril del 2021 La Fiscalía Anticorrupción de Morelos ofrece una recompensa de 1110 UMAS (alrededor de 100 mil pesos) para localizar a Vera.
En Mayo del 2023 Vera, aún prófugo, se ampara para intentar restituir el pago de su pensión.
El pasado 7 de Noviembre, Alejandro Vera es detenido en Cuautla, por la FGR tras años de búsqueda. Este domingo 9 de noviembre, Una jueza federal le impone prisión preventiva oficiosa en el penal de El Altiplano por delincuencia organizada y operaciones con recursos de procedencia ilícita.